Friedrich von Bodelschwingh war am 6. März 1831 im Gutshaus Mark bei Tecklenburg als Spross eines westfälischen Adelsgeschlechts geboren worden, das in Militär und Verwaltung Preußens wiederholt Karriere gemacht hatte. Die Eltern Ernst und Charlotte v. Bodelschwingh waren tief religiös, vor allem die pietistische, streng Bibel gläubige Mutter hatten entscheidenden Einfluss auf die christliche Sozialisation des jungen Friedrich Christian Carl, der in Koblenz und Berlin aufwuchs. Der Vater war zunächst Oberpräsident der Rheinprovinz gewesen, bevor er nach Berlin wechselte, mehrere Ministerämter nacheinander bekleidete und als gemäßigt Konservativer einer der engsten Vertrauten König Friedrich Wilhelms IV. wurde. Hier avancierte der junge Friedrich zum Spielgefährten des Kronprinzen Friedrich, dem späteren (99-Tage-)Kaiser Friedrich III. Über das Engagement seines Hauslehrers in einem Wohltätigkeitsverein sah er aber auch das Elend in der Hauptstadt und lernte die diakonisch tätigen Johann Hinrich Wichern und Theodor Fliedner im Elternhaus kennen. Nachdem der Vater während der Revolution von 1848 seinen Rücktritt erklärt hatte, kehrte die Familie nach Westfalen zurück.
Nach erfolgreicher Reifeprüfung in Dortmund studierte Bodelschwingh in Berlin kurzzeitig Botanik, bald wechselte er jedoch in eine landwirtschaftliche Lehre, die inzwischen eine Verwissenschaftlichung und Professionalisierung erlebte, nachdem ein Agrarkapitalismus mit Fruchtwechseln, neuen Nutzpflanzen, Nebenbetrieben, intensivierter Viehzucht und Rationalisierungsprozessen die Erträge der Profiteure verdoppelt hatte. Gleichzeitig verelendeten die Modernisierungsverlierer, die Tagelöhner, Heuerlinge und Einlieger und bald landlosen Kleinbauern. Bodelschwingh erlebte die rigorose „Gutsherren-Art” auf dem Rittergut Gramenz in Hinterpommern und zog für sich Konsequenzen: „Da war es nun meine erste Sorge gewaltsam und eigenmächtig einzugreifen.” Und das tat er mit Konzessionen an die in Not geratenen und gleichzeitiger Kontrolle gewährter Hilfeleistungen. Gleichwohl reifte in ihm die Erkenntnis, das äußere und innere Not untrennbar miteinander verbunden und deshalb auch nur gemeinsam zu heilen waren.
Im November 1854 nahm Bodelschwingh in Basel folglich ein Theologiestudium auf, um als Missionar ein Theologe der Praxis zu werden, kritische Wissenschaft war nicht seine Sache. Er schloss sich vielmehr – auch unter dem Einfluss des Basler Missionshauses – der „Positiven Theologie” an, die sich über die emotional-subjektive Erweckungsbewegung in Form einer „inneren Mission” entfaltete: Gefühl, Gemeinschaft und Tat charakterisierten die Erweckungsbewegung, die insbesondere im Ravensberger Land erfolgreich war. Bodelschwingh verengte seine theologischen Auffassungen und galt auch unter seinen Kommilitonen als Sonderling, dessen Pläne für eine Missionstätigkeit in Abessinien aber stecken blieben. 1856 wechselte er nach Erlangen, wo er die Arbeit der staatlichen Irrenanstalt Winnenthal bei Winnenden beobachtete, die in Abkehr von einer sonst üblichen Zwangsbehandlung der Gehirnkranken geradezu modern auf Behandlung und Betreuung setzte. Im April 1858 bestand Bodelschwingh sein Theologieexamen in Berlin, wo er seine Cousine und spätere Ehefrau Ida von Bodelschwingh kennen lernte.