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1892 feierte Nitzsch sein 25-jähriges Dienstjubiläum. Obwohl bereits 68 Jahre alt, unterrichtete er immer noch Woche für Woche 9 Stunden Latein und 6 Stunden Griechisch. Ehemalige Schüler veranstalteten zu seinen Ehren einen Kommers in der Tonhalle auf dem Johannisberg, in der Aula des Gymnasiums wurde das Jubiläum mit einem Festakt gewürdigt und eine städtische Deputation überreichte dem aktiven Gymnasialdirektor ein „Silbergeschenk”, ein „silbernes Schreibzeug”. Fünf Jahre später teilte Nitzsch dem Gymnasial-Kuratorium mit, dass er im April 1898 mit Vollendung des 73. Lebensjahres und 50 Jahre nach der ersten Anstellung als Lehrer gedenke, „in den Ruhestand zu treten”. Das Kuratorium nahm diese Entscheidung „mit lebhaftem Bedauern” entgegen und kündigte an, die Pensionierung vorbereiten zu wollen. Doch es kam zu Verzögerungen: Prof. Nitzsch blieb bis zum 15. September 1898 in seinem Amt. War er bereits vom Provinzial-Schulkollegium in Münster zu seinem 50-jährigen Dienstjubiläum mit dem „Roten-Adler-Orden 3. Klasse mit Schleife und der Zahl 50” ausgezeichnet worden, so wurde ihm jetzt der Titel „Geheimer Regierungsrat” verliehen. Bielefelds Oberbürgermeister Gerhard Bunnemann hatte diese „Allerhöchste Auszeichnung” für den Jubilar beantragt. Für das Gymnasium ließen Stifter ein opulentes Ölgemälde des beliebten Direktors von dem Maler Theodor Wedepohl anfertigen, das in der Aula aufgestellt wurde.
Prof. Dr. Otto Nitzsch engagierte sich in seiner neuen Heimat Bielefeld nicht nur als Pädagoge. Er war auch an der Gründung des Historischen Vereins für die Grafschaft Ravensberg beteiligt. Bereits sein Vorgänger im Gymnasium, Direktor Wilhelm Herbst, hatte 1865 einen ersten Versuch unternommen, einen Geschichtsverein für die Region zu gründen, der allerdings misslang. Am 27. Mai 1876 lud Nitzsch auf Anregung honoriger Bielefelder Bürger zu einem Gründungstreffen ein. Die anwesenden Herren wählten einen Vorstand und Dr. Nitzsch zum Vorsitzenden. Unter seiner Führung engagierte sich der Historische Verein bereits 1877 für die Sparrenburg, die zu dieser Zeit noch als Gefängnis genutzt wurde. Nach einem Brand sprach sich der Verein für eine würdige Umnutzung der Burganlage aus, die in den folgenden Jahren auch realisiert werden konnte. Bereits kurz nach der Gründung übernahm es Nitzsch, „das Archiv des Rathauses im Interesse des Vereins zu untersuchen.” Diese Arbeit bezeichnete er als „ein wahres Martyrium”, weil das, „was hier ‚Archiv’ genannt wird [...], in Wahrheit ein Bodenraum mit einem Chaos verstaubter Akten” war. Die wahrgenommene lückenhafte Überlieferung der wichtig erachteten historischen Dokumente und Exponate nahm der Verein zum Anlass, mit eigenen Mitteln eine Bibliothek, ein Archiv und eine historische Sammlung aufzubauen, die den Grundstock für das heutige Stadtarchiv und Landesgeschichtliche Bibliothek sowie das Historische Museum der Stadt Bielefeld legten.1894 schenkte der Verein der Stadt nicht nur seine Sammlungen, sondern sorgte auch dafür, dass qualifizierte Vereinsmitglieder sich für deren weiteren Aufbau ehrenamtlich engagierten.